הרבה מהניסויים במעבדה בה אני עובד מבוצעים בעזרת מערכת קונפוקלית של ניקון מסוג C1.
מערכת זו מופעלת בעזרת התוכנה הקנינית של Nikon העונה לשם EZ-C1 וזו בתורה משתמש כברירת מחדל בקבצים בתסדיר הפתוח ics/ids (בתסדיר זה נשמרים קובץ הנתונים וקובץ התמונה כשני קבצים נפרדים).
התסדיר אמנם פתוח אבל בזמן שנהוג כמעט בכל מערכת דימות להשתמש סדר המימדים X, Y, Z, t, Chanel (הווה אומר שהמימדים המרחביים נשמרים ראשונים אחריהם בא מימד הזמן ובסוף נמצא מימד הערוצים) אז בניקון נבחר הסדר Chanel, X, Y, Z, t (כנראה תוצאה של הפקדת התכנות בידי אדם שאין לו ניסיון בעבודה עם מיקרוסקופים אלא רק בעיבוד תמונה).
בחירה זו לא איפשרה עד עכשיו עבודה קלה עם תוכנות לניתוח תמונה אבל… בא לציון גואל.
התוכנה העיקרית בעזרתה אנו מבצעים ניתוח תמונה בשנים האחרונות היא ImageJ החופשית (כמו כל התוכנות של ה-NIH גם היא מופצת לנחלת הכלל).
עסקינן בתוכנה כתובה בג'אוה ונהנית מתשתית ההופכת כתיבת הרחבות לה לפשוטה ביותר.
כבר בשנת 2003 פרסם Nico Stuurman הרחבה (ההרחבה מותרת לשימוש, הפצה ושינוי שאינם לצורך מסחרי) המאפשרת פתיחת קבצי ics ב-ImageJ אבל הרחבה זו נבנתה לעבודה עם קבצים שסדר המימדים בהם הוא הסדר המקובל (ובכל מקרה המכשיר של ניקון עוד לא הושק באותה שנה).
בגרסה האחרונה של ההרחבה נוסף לה קוד של Rudolf Oldenbourg וזה מאפשר עכשיו את פתיחת הקבצים של ה-C1.
בעזרת ההרחבה המשופרת נכנס מאיתנו כעת שלב ביניים מיגע של המרת קבצי ה-ics ל-tiff.
